Alcide d’Orbigny fut remarqué par les scientifiques du Muséum et de l’Académie des sciences grâce à son premier travail d’envergure, intitulé Tableau méthodique de la classe des Céphalopodes, qui fut présenté à l’Académie des sciences le 7 novembre 1825 et publié en 1826. Cette importante contribution et les qualités qu’il y révélait lui valurent d’être nommé voyageur naturaliste du Muséum national d’histoire naturelle.

Son souhait d’aboutir à une classification cohérente des microcoquilles, rapportées aux céphalopodes en raison des analogies de formes avec les ammonites, l’incita à se « livrer d’abord à l’examen des grosses espèces vivantes et fossiles afin de bien comprendre les espèces microscopiques » 〚19 (p. 125)〛. Par cette étude raisonnée, il fut le premier à comprendre que ces êtres minuscules constituaient, en fait, un groupe différent des autres céphalopodes. Leurs coquilles n’en possédaient pas le siphon caractéristique, et se distinguaient par l’existence d'une ou de plusieurs ouvertures (ou foramens) situées dans la cloison séparant deux loges consécutives. En s’appuyant sur ces caractères discriminants, il créa l’ordre des Foraminifères, pour les coquilles microscopiques pourvues de foramens, et l’ordre des Siphonifères, pour les espèces macroscopiques munies de siphon, et maintint les deux ordres dans la classe des Céphalopodes (au sens où l’on comprenait ce groupe à l’époque). Dans le Tableau méthodique, il proposa une classification de l’ensemble de cette classe, et la publia en deux parties. La première 〚19 (pp. 96–169)〛 est consacrée à l’ordre des Cryptodibranches (Octopodes, Décapodes) et à l’ordre des Siphonifères ; la seconde 〚19 (pp. 245–314)〛 est entièrement consacrée à l’ordre des Foraminifères. C’est de cette dernière dont il s’agira dans la suite de ce texte.

La première partie du Tableau méthodique est précédée d’une longue introduction de de Férussac 〚19 (pp. 96–120)〛. D’Orbigny ne semble pas avoir apprécié cette introduction, qui déflorait certaines idées qu’il ne pouvait développer dans le cadre de cette publication (cf. ci-dessous), comme il le dira quelques années plus tard. En effet, alors en délicatesse avec ce scientifique qui s’était permis de « publier à son insu » 〚21 (p. xxiv)〛 des corrections au Tableau méthodique qu’il trouvait injustifiées, il écrira 〚21 (p. xxii)〛 : « Monsieur de Férussac, pour avoir l’occasion de rappeler ses propres travaux, nous avait instamment prié de le laisser présenter notre travail à l’Académie des sciences : ce savant le fit précéder d’une introduction... ».

Le Tableau méthodique s’apparente plutôt à un prodrome, selon ses propres termes, puisqu’en raison de son départ précipité pour le « nouveau monde », il ne publia qu’une version abrégée d’un projet déjà bien élaboré. Projet qu’il prévoyait de mener à terme ultérieurement, comme il le signale 〚19 (p. 121)〛 : « Circonscrits dans le cercle étroit d’un sommaire, nous nous bornerons seulement à indiquer ici les motifs qui nous autorisent à établir les coupes d’ordres, de familles et de genres que nous proposons 〚...〛 nous réservant de présenter plus de détails sur toutes les généralités, dans l’ouvrage complet auquel nous travaillons. » Fidèle à cet engagement, il présente, dans sa brève introduction, une très courte revue bibliographique, les principes de sa classification et quelques rares généralités sur ce groupe. On apprend néanmoins, par la longue introduction de de Férussac, que d’Orbigny avait bien observé que « le test de ces petites coquilles était entièrement renfermé dans le corps ou le sac du céphalopode, ou du moins qu’il était entièrement recouvert par une membrane ou tunique » (on sait depuis que le cytoplasme des Foraminifères est à la fois interne et externe au test). D’après cette introduction, d’Orbigny pensait également que leur mode de reproduction devait être différent de celui des autres céphalopodes 〚19 (pp. 100 et 101)〛 (les études postérieures montreront en effet des modalités complexes chez ces microorganismes).

Ce premier travail consacré aux Foraminifères est fondé sur l’observation de 52 genres, dont 40 nouveaux, et de 544 espèces qu’il identifia dans les sédiments actuels et fossiles récoltés par lui-même, ou par les officiers et médecins de marine dont il sollicitait les bons offices. Il définit les taxons de rang supérieur par une diagnose, mais ne précise pour les espèces que leur nom et les localités dans lesquelles elles ont été observées vivantes ou fossiles, par lui ou par d’autres auteurs. Il fait référence, dans la liste de synonymie, aux espèces décrites antérieurement et à 158 des figures produites par Soldani 〚30〛, qu’il nomme en respectant cette fois la nomenclature linnéenne.

D’Orbigny fondait sa classification de 1826 sur le mode d’accroissement des coquilles et reconnaissait les cinq familles suivantes : les Stichostègues (loges empilées sur un seul axe), les Enallostègues (loges disposées en alternance sur plusieurs axes), les Hélicostègues (agencement formant une spirale), les Agathistègues (loges pelotonnées autour d’un axe), les Enthomostègues (loges compartimentées en logettes).

Pour illustrer le travail présenté en 1825 à l’Académie des sciences, il avait préparé 73 planches, dont 45 étaient achevées, et avait, de plus, réalisé des modèles en trois dimensions, l’ensemble attestant les qualités artistiques de leur auteur et son sens aigu de l’observation. Ces 73 planches, dans lesquelles les espèces sont regroupées par genre, ainsi que de nombreuses esquisses (Fig. 1), montrant les tâtonnements du jeune scientifique et les tentatives de comparaison d’une espèce à l’autre, sont conservées au Muséum national d’histoire naturelle. Bien qu’elles n'aient jamais été publiées, en raison de son départ précipité pour l’Amérique, elles sont connues dans la littérature spécialisée sous le nom de Planches inédites. Les huit planches qui accompagnent la publication de 1826 〚19〛 regroupent les copies de dessins disséminés dans l’ensemble des planches inédites.

Pour illustrer les principaux genres, « afin d’en populariser l’étude et d’en rendre les caractères visibles à tous les yeux » 〚23 (p. 2)〛, il sculpta 100 modèles dans un calcaire très fin, en agrandissant entre 40 et 200 fois les sujets représentés (Fig. 2). Après avoir réalisé des matrices de ses modèles, il en fit des répliques en plâtre, qu’il diffusa dans le commerce sous forme de coffrets de 25 moulages, préfigurant en quelque sorte les « valises pédagogiques ». Dans chacun d’entre eux, il avait pris soin d’associer à ces moulages de véritables spécimens (Fig. 3), ce qui permit des années plus tard à Hansen 〚5〛 de désigner des lectotypes pour des espèces figurées en 1826, mais non retrouvées dans la collection d’Orbigny.

Dans le Tableau méthodique, 31 espèces seulement sont figurées dans les huit planches accompagnant le texte. De ce fait, beaucoup de noms d’espèces simplement citées, sans référence à une diagnose ou une figuration, étaient des nomina nuda.

De nombreux noms d’espèces furent ensuite rendus disponibles par lui-même dans des ouvrages ultérieurs 〚20〛, 〚21〛, 〚22〛, 〚23〛, 〚24〛 and 〚25〛, puis par Fornasini, qui publia entre 1889 et 1908 des calques des dessins originaux de d’Orbigny 〚17〛, et enfin par d’autres auteurs, qui publièrent des figures réalisées d’après ses dessins, ou ses modèles. Dans ces deux derniers cas, il perdit alors, et même de son vivant, la paternité d’un certain nombre de noms qu’il avait lui-même donnés. Selon Heron-Allen 〚6 (p. 3)〛, toutes les espèces citées dans le Tableau méthodique, à l’exception de trois, ont été finalement décrites.

Cette classification des Foraminifères, la collection de spécimens, les sculptures et les nombreux dessins sur lesquels elle se fondait étaient le fruit de six années de recherches menées par un jeune homme de moins de 24 ans. Ce travail fut réalisé bien avant la publication du Code international de nomenclature zoologique et, comme malheureusement le texte et l’illustration se trouvèrent considérablement réduits, d’Orbigny laissa malgré lui un certain nombre de problèmes nomenclaturaux à ses successeurs. Néanmoins, en dépit de ses imperfections, soulignées par différents auteurs, le Tableau méthodique fut considéré en son temps comme « un monument de sagacité » 〚2 (p. 170)〛, ou encore comme « the alphabet of the Nomenclature of Foraminifera » 〚28 (p. 145)〛. Grâce à lui, d’Orbigny posait les premiers jalons de la micropaléontologie. Néanmoins, s’il fut le premier à élever les Foraminifères au rang d’ordre et à en donner une classification, il n’en reconnut pas la nature unicellulaire. Cette découverte revint à Dujardin en 1835 〚3〛, et d’Orbigny s’y rallia immédiatement.

Alors qu’il rédigeait les résultats de son voyage en Amérique méridionale, concernant la zoologie, la botanique, la géographie, la géologie et l’ethnologie, et qu’il travaillait à ses travaux de paléontologie et de géologie stratigraphique en parcourant la France pour se constituer une collection d’Invertébrés fossiles 〚33〛, Alcide d’Orbigny menait également de front d’autres travaux portant sur les Foraminifères récents et fossiles. En 1839, il publia ses travaux sur les Foraminifères récents de Cuba, des îles Canaries et d’Amérique méridionale.

Le travail très important d’Alcide d’Orbigny sur les Foraminifères n’est évidemment pas exempt d’erreurs et d’imperfections. Comme il a été mentionné précédemment, il a laissé à ses successeurs, malgré lui, une série de problèmes nomenclaturaux. Il convient en effet de rappeler que, du temps de d’Orbigny et des premiers réviseurs de ses espèces, le Code international de nomenclature zoologique 〚8〛 n’avait pas encore été institué. Les premières Règles internationales ont été publiées en 1905 〚7〛, tandis que la première édition de l’International Code of Zoological Nomenclature parut en 1961 〚8〛 and 〚18〛. De ce fait, bien des erreurs qu’on a reprochées injustement à d’Orbigny ne sont en réalité qu’un manquement à un code, auquel il ne pouvait se référer, puisqu’il n’existait pas.

On lui a aussi souvent reproché d’avoir multiplié le nombre d’espèces chez les Foraminifères, en attribuant plusieurs noms à des taxons identiques, mais de provenances différentes. Ce qui surprend de la part de l’auteur du Prodrome de paléontologie stratigraphique, dont un des soucis fut de rechercher les synonymes et les homonymes 〚25 (p. lvi)〛, et qui s’attela pour cette raison à un travail fastidieux de comparaison, au terme duquel il conserva 18 000 noms valides sur les 40 000 recensés chez les Invertébrés et les Foraminifères. Si, pour cela, il examina scrupuleusement les travaux des autres chercheurs, il n’en oublia pas pour autant les siens : « Nous les avons révisés 〚ses travaux〛 avec d’autant plus de sévérité, que nous ne craignions plus de mécontenter l’auteur, et que nous sommes loin de nous regarder comme infaillible » 〚25 (p. lvi)〛. On peut se demander si la qualité insuffisante du matériel optique dont il disposait n’a pas été source d’interprétations erronées, l’amenant à multiplier les espèces chez les Foraminifères, en particulier. Il fit en effet part des difficultés d’observation au microscope : « … illusions d’optique 〚…〛 obstacles occasionnés par la petitesse des êtres » 〚19 (pp. 122 et 123)〛.

On lui a également fait le grief de s’octroyer la paternité d’un groupe nominal, lorsqu’il changeait l’attribution générique d’une espèce déjà décrite. Mais il expliqua aussi son point de vue sur cette question de nomenclature. Il assurait que c’était une double injustice de « faire patroner une coupe générique par un auteur qui ne la connaissait pas, en ôtant au réformateur le résultat de ses travaux. 〚...〛 Suivant notre conscience, nous pensons qu’on doit laisser à chacun la responsabilité pleine et entière de ses œuvres, et qu’il convient, au contraire, de toujours mettre le nom de celui qui change le genre, d’abord par justice, puis pour la commodité des recherches, et enfin pour la régularité de la citation 〚...〛 D’ailleurs, comme nous le faisons toujours, en plaçant à la suite du nom ainsi désigné, la synonymie du premier descripteur de l’espèce, on aura rempli envers celui-ci un devoir de justice, et considérablement simplifié les recherches » 〚25 (p. liii)〛.

Son habitude d’utiliser des épithètes spécifiques identiques pour différents genres a quelquefois créé des problèmes quand, dans les révisions ultérieures, deux espèces de même épithète étaient regroupées dans un même genre.

Il faut également souligner le fait qu’Alcide d’Orbigny n’a jamais désigné de type. Il avait, en fait, une conception moderne de l’espèce, car son expérience de zoologiste lui avait montré l’importance de la variabilité morphologique d’une même espèce dans l’Actuel, et il en tenait compte dans l’étude des fossiles. Comme l’a souligné Tintant, en commentant certaines phrases de d’Orbigny au sujet de la variabilité chez les ammonites, « Ce langage résonne de façon très moderne à nos oreilles et semble anticiper sur la notion actuelle de population. 〚...〛 à l’heure où la systématique populationnelle a réduit considérablement le nombre des taxons, on ne peut qu’être frappé par le remarquable sens de l’espèce et de sa variabilité que montre le vieux Maître du Muséum… » 〚31 (pp. 168 et 169)〛. Dans sa collection, il a préféré présenter dans une même préparation et sous un même nom des individus présentant une certaine variabilité, plutôt que des individus isolés. Cette conception, plus populationnelle que typologique, a parfois engendré des problèmes dans les cas où il avait réuni des espèces considérées comme différentes aujourd’hui.

Avec l’évolution des connaissances sur les Foraminifères, la classification d’Alcide d’Orbigny est vite devenue obsolète. Mais un grand nombre d’espèces nommées par lui sont toujours valides. Parmi elles, cent deux ont été désignées comme espèce type de genres dans la classification de A.R. Loeblich et H. Tappan 〚15〛, en vigueur à l’heure actuelle.